Все проблемы, связанные с нестыковками площадей связаны с округлением (если конечно нет ошибок в геометрии). Поэтому, самый простой способ - это минимизировать ошибку округления. Для XML формата принято сохранять координаты с точностью 3 знака после точки. Но, насколько мне известно, это не оговорено ни в одном документе. Поэтому попытайтесь увеличить точность координат в XML. Как это сделать уже было сказано на форуме.
Вопрос с увеличением точности координат спорный. Оппоненты утверждают, что точность координат должна соответствовать реальной точности измерений. Однако, я уверен, что любые округления координат, длин линий и площадей на промежуточных этапах только вредят. Вот моя позиция по этому вопросу zemres.com/forum/viewtopic.php?p=66435#p66435.
Если такой вариант вам не подходит, тогда следуйте инструкции, повествующей как правильно работать с округленными координатами.
Как подгонять площадь путем сдвигания точек участка вам уже рассказывал Дмитрий Федоров.