Пересчет из сферических координатв прямоугольные (и обратно) через Карта>Система координат подразумевает, что широта и долгота у вас заданы на эллипсоиде WGS84. Если же ваши географические координаты заданы на эллипсоиде Красовского, то используйте пересчет координат при вставке списка координат из буфера обмена.
Подробнее здесь
В свойствах карты обязательно указывайте датум Pulkovo-42. Это датум с нулевыми коефициентами Хельмерта, что значит отсутствие преобразования координат между эллипсоидами.