Проблема исправлена, загружайте последнюю версию Ged.exe. В XP на данный момент прозрачность растров не поддерживается. При включении опции Полупрозрачность в свойствах слоя изображений используется прежний способ отображения без альфа-канала. Прозрачность в заливках полигонов работает.
Для Windows 2000 требуется установить библиотеку GDI+ от Microsoft.