Функции падежей заточены прежде всего под имена собственные. Конечно, можно добавить и произвольные фразы для склонения, но это уж сами, в качестве эксперимента. В любом случае, похоже эта возможность не подойдет - Вам нужно сокращение до аббревиатуры, а падежные функции сокращают только имя и отчество (т.е. 2-е и 3-е слово).
Можно попробовать через скрипты. Но для этого нужно понять, в каких именно обстоятельствах используются сокращения и из чего их планируется получать.