При создании орто в ряде случаев при трансформации растровых планов получаются черные полосы. На что следует обратить внимание, чтобы этого избежать. При уменьшении числа растров трансформирование идет нормально
Возможно из-за нехватки оперативной памяти. Для серьезной работы с множеством растров желательно иметь не менее 2 Гб. Еще перед трансформированием лучше закрыть лишние окна с растрами, оставив только необходимые. И убедитесь, что используете последнюю версию программы.