Да, проблема известная и единственно правильным решением является именно добавление дополнительных точек в контур полигона. Без добавления этих точек невозможно добиться целостной топологии. Любое округление координат сместит вершины и они больше не будут лежать на линии.
Посмотрите как решается данная проблема в ArcGIS wiki.gis.com/wiki/index.php/Cadastral_fabric. Обратите внимание на рисунок. В ArcGIS Cadastral Fabric введено понятие Line Points - вспомогательных точек, которые не являются поворотными точками участка, но служат лишь для пристыковки смежных участков.
Разработчики нашей кадастровой системы просто не предусмотрели существование такой проблемы (как и многих других, впрочем). А ведь можно было лишь ввести точки со специальным статусом, которые бы не участвовали в формировании кадплана, генерации списка смежников и проч., а были лишь вспомогательными вершинами, для сохранения топологии.