Заголовок MIF-файла берется из Digitals\Mapinfo.hdr
Граница рамки карты задана там же (Digitals\Mapinfo.hdr)
В Digitals для типа слоя Полигон/полилиния, специально для экспорта в Mapinfo и ArcGIS есть “галочка” Только полигоны в менеджере слоев (установите - Region, уберете - Pline)
Скопируйте нужные объекты на чистый лист и сохраните, все же Файл-Сохранить как применим для всей карты, а не отдельных объектов. Если все же это долго, то можно создать скрипт, который сохраняет выбранные объекты в MID/MIF и добавляет гибкости Digitals\Mapinfo.hdr.