Автоматическое устранение тональной несшивки, автоматическое построение секущих линий и др.:
Опробовал!
После вывода на экран результатов тональной коррекции чуть не расплакался 
Браво!!!
Подскажите, пожалуйста, что я не правильно делаю: после выполнения пункта 4 (Выровнять/уменьшить границы снимков оставив перекрытие 50-100 мм (Орто|Выровнять границы)) очень сильно искажаются границы снимков 
Лучше один раз увидеть… Иначе трудно оценить, что значит “сильно искажаются”. Вышлите DMF со вставленными снимками.
Вообще, этот пункт можно и упустить, но в этом случае уйдет больше времени на ортотрансформирование и потребуется больше дискового пространства. А после обрезки бОльшая часть работы окажется “лишней”, т.е. не будет отображаться, хотя на диске останутся все те же “тяжеловесные” орто изображения. Поэтому и рекомендуется выполнять “Выровнять границы” перед трансформированием.