Установить в Карта>Свойства>Datum нужную СК, обязательно с указанием зоны. Например, SK63(3).
Если растры представляют собой сканы карт или планов, установить масштаб карты, соответствующий масштабу сканированных карт или планов.
Выполнить команду Вставка>Блок триангуляции, выбрав требуемые растры. В карту будут добавлены границы растров, на лету пересчитанные в заданную СК карты.
Включить Орто>Автозагрузка растра.
Пометить границы всех растров и выполнить Орто>Трансформировать фрагменты. В появившемся окне указать каталог для записи трансформированных растров и их разрешение. Нет смысла указывать разрешение орто больше, чем разрешение исходных растров.
После выполнения трансформации будет создана новая карта со вставленными в нее ссылками на трансформированные растры. После этого, чтобы спрятать ненужные области растров, можно построить линии порезов. Можно также выравнять радиометрических характеристики(яркость/контраст/гамма) отдельных фрагментов.
При трансформации снимков для устранения искажений за рельеф, карта, со вставленными границами снимков, должна также содержать модель рельефа.